Lo que te dicen es muy cierto... El formato de almacenamiento de fechas es AAAA-MM-DD. Además, lo único que te podría interesar es mostrarle la fecha en otro formato a tu cliente y eso se puede hacer perfectamente utilizando formatos o funciones de fecha.
Fijate en la web de MySQL en
12.5. Date and Time Functions. Ahí vas a ver lo que tendrías que hacer para que en un SELECT te muetre la fecha a como más te convenga.