Piensa por un momento.
Que es una codificación Base64? .. Es un "algoritmo" .. si tu lo conoces (cosa que yo no) .. podrías intentar seguir el patrón que dá y así verifcar que es un patrón dado tu string cualquiera (cadena) tipo "base64":
Por si quieres verlo:
http://www.faqs.org/rfcs/rfc2045
Pero .. ahora .. en que contexto lo quieres usar?
En principio .. si tu usas la función:
base64_decode()
www.php.net/base64_decode
Supongo que si aplicas dicha función a una cadena que no tenga ese formato, .. obtendrás lo mismo que la cadena original .. así que podrías hacer cierta comparación por ahí (pero tampoco sé si mi "teoría" funciona .. pruebalo no cuesta mucho). En los comentarios de los usuarios de esas funciones tienes ejemplos .. y código que te podría ayudar ..
Un saludo,