Recuerdo haber realizado algo parecedo hace tiempo, te lo pongo de memoari
Código:
<div styile="position:absolute; top:0; left:0; width:100px; height:20px; z-index:1">
<object classid="...." codebase="...." width="100" height="20">
<param name="movie" value="banner.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name="wmode" value="transparent">
<embed src="banner.swf" quality="high" pluginspage="..." type="application/x-shockwave-flash" width="400" height="55"></embed>
</object>
</div>
<div styile="position:absolute; top:0; left:0; width:100px; height:20px; z-index:2"><img src="trans.gif" width=100 height=20></div>
he metido muchos puntos suspensivos para ahorar texto.
Lo mas importante es:
1. el z-index de cada capa
2. <param name="wmode" value="transparent">
trans.gif es una imagen 1x1 transparente.
Espero que te sirva