Puedes usar websphere de tal manera como podrías hacerlo con cualquier otro servidor de aplicaciones. Pero en lo posible intenta maximizar el trabajo fuerte en tu servidor de aplicaciones, puedes incluir clases, ejbs, componentes que se comuniquen con otras clases externas via corba, lo que tu quieras, desde tu aplicación que la almacenarás bajo el servidor de websphere. Y lo más óptimo es que uses oracle como cualquier otro motor de base de datos, para que generes las tablas, procedimientos almacenados, triggers, vistas y toda clase de elementos de tu base de datos. Pero tu lógica debería manejarla tus clases que estarán alojadas en tu Websphere(sea que uses la estructura de Struts, EJBs o componentización cualesquiera). Y solo tu Oracle te sirva como respaldo a consulta y actualizaión de tablas. A menos que sean procesos muy específicos como por ejemplo actualizaciones masivas de grandes tablas, (que manejen millones de registros, como para delegar estas funciones a mismo oracle, para que trabajen en batch, entonces para ello si sería óptimo que uses funciones programadas en tu misma Bdd).
Puedes ir a la URL para desarrolladores de WebSphere y ver soluciones posibles que estén a tu alcance:
http://www-128.ibm.com/developerworks/websphere
Un saludo.