hola PP2!
Yo lo haria asi:
 Código PHP:
   
function confirma()
{
  if(confirm('¿Desea asignar herramientas para esta actividad?')==1)
  {
     window.open("listaherram.php?id_maquina=<?=$id_maquina?>&id_planes=<?=$id_planes?>","ventana1","width=430, height=350, scrollbars=no, menubar=no, location=no, resizable=no");
  }
}   
  Una observación: no es bueno poner como constante el nombre de una ventana.