Si usa un include con su js, lo que haría sería incluir el código JavaScript y sería una salida al navegador, tons sería lo mismo. Además de que necesitaría incluir en su JS la línea: <script language="javascript" type="text/javascript">, para que al momento de incluir y enviar al navegador este supiera que es código JS, porque si no simplemente lo desplegaría como texto, pero eso (<script>) no es aceptable en un archivo .js.
Estas seguro de que no puedes reordenar tu script para que cualquier salida quede al final?
Otra forma sería usar un buffer de salida, pero creo que sobrecargaría PHP
