Definitivamente se me olvido agregar la ultima parte (es que lo hago al vuelo.... en la mente)
Dices que te trae una burrada de Datos? ya verificaste la cantidad de datos en que tienes en cada tabla?
intenta con lo siguiente... no lo he probado solo se me ha venido a la mente... al menos a mi me funciona corectamente con Oracle
Código:
Select count(*)
from
(
Select verificaciones.id_empresa
from verificaciones
Where verificaciones.id_empresa = $_SESSION['empresa']
UNION DISTINCT
Select verificaciones_ko.id_empresa
from verificaciones_ko
Where verificaciones_ko.id_empresa = $_SESSION['empresa']
);
Nota: creas un UNION DISTINCT de las dos tablas y luego simplemente haces un conteo de la tabla temporal creada (consulta interna)