Creo que PHP no es lo ideal para tu propósito.
PHP es interpretado, no genera "ejecutables" pues necesita del interprete PHP para ejecutarse. Si quieres proteger su código fuente debes recurrir a cosas como Zend Encoder (
www.zend.com) o ioncube (
www.ioncube.com), algunas soluciones de este tipo no son gratuitas.
De todas formas .. PHP (con los detalles mencionados) puedes ejecutarlo en línea de comandos (CLI) sin necesidad de un "navegador" que lo llame:
http://www.php.net/features.commandline
Lo otro que tienes es "PHP-GTK" (
http://gtk.php.net) que es la extensión de PHP para generar aplicaciones tipo "escritorio" basadas en interface GTK. Igualmente estas aplicaciones así NO son compiladas, necesitan del interprete PHP para ejecutarse.
Por qué no desarrollas tu aplicación en "C" por ejemplo? .. Bueno, mejor dicho en el S.O. que ejecute tus -clientes- o servidor (realmente no sé que tipo de aplicación necesitas desarrollar .. si lo explicas tal vez se te puedan ofrecer mejores alternativas).
Un saludo,