Pues dependerá de cada motor de gestión de "templates" que use esas aplicaciones (no todos son los mismos).
El "motor" es un script PHP .. el cual "llama" y usa ese "tpl" .. así que si tu tienes algún código que insertar el cual genera alguna "salida" .. debes usar los métodos que correspondan y alterar el código de ese script PHP que llame a ese template.
Según sea el "motor" que uses .. algunos (como los que se basan en Smarty
http://smarty.php.net) insertar código PHP se hace con sus própios tag's .. Pero primero hay que ver si usa alguno "standard" como ese o no ..
De todas formas como hablas de aplicaciones pre-fabricadas lo mejor es que consultes en el foro de "Aplicaciones pre-fabricadas" .. seguramente por allá sepan como trabajan exactamente esas aplicaciones y si disponen de alguna técnica especial para tal fin (algo como crear un módulo? .. un "bloque"? .. un "plug-in"? ...)
Un saludo,