sleep()
www.php.net/sleep
Literalmente, detiene la ejecución de un script en ese punto por el tiempo que indiques (segundos):
set_time_limit()
www.php.net/set_time_limit
Define un tiempo de ejecución de los segundos que indiques maximo para ese script (y sólo para el).
Se usa cuando un proceso se puede extender por más tiempo del que PHP en su configuración define por defecto (30 segundos normalmente).
Como ya podrás apreciar .. si tu tienes una sentencia "sleep()" en algún script y/o como parte de un bucle por ejemplo donde se repite N veces .. es muyyyyyyyyy probable que el tiempo de ejecución de ese script en concreto se demore mucho más tiempo del que PHP dá por defecto a la ejecución de cualquier script .. por eso, en esos casos se usa set_timi_limit() para darle más tiempo de ejecución a ese script.
Un saludo,