Si el error que obtienes es de Mysql .. donde debes consultar es en el foro de "Base de datos" -> "Mysql" que es el lugar adecuado (no sé por qué consultastes en el foro de "PHP-GTK"?)
El mensaje de error se refiere al tiempo máximo excedido para esa operación, tal vez una conexión lenta + tamaño de archivo hacen que se demore mucho el archivo entre subir a tu servidor y proceso de Mysql.
Podrías ajustar tu configuración de Mysql si es que tienes aceso, revisa la documentación oficial de Mysql al respecto:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/gone-away.html
Un saludo,