En PHP bajo linux no puedes usar COM (
www.php.net/com)
Así que tendrás que ver otras soluciones.
En PHP (linux o windows) puedes crear "extensiones" (esas .so que mencionas). Las extensiones se compilan para el S.O. que uses (.dll para windows .. .so para linux). Realmente ahí no sé como se desarrolla una extensión para PHP .. pero que se puede hacer se puede.
Encontré este tutorial que tal vez te interese:
http://www.zend.com/php/internals/ex...n-writing1.php
Lo otro sería ver que tienes que hacer .. a lo mejor puedes solventar el problema creando un "Web service"? ..
Un saludo,