Dado la estructura de tu archivo de texto plano . .con la función file() simplificas mucho el proceso:
Código PHP:
<?
// Lees tu archivo, generas tu nuevo contenido:
$nuevas_lineas = "";
$lineas=file("tus_datos.txt");
foreach ($lineas as $linea){
$nuevas_lineas .= "<option value=\"$linea\">$linea</option>\n"; // genero acomulado (.=) cada nueva linea (separada por su salto de línea \n o \n\r según S.O.)
}
// generas el archivo:
$fp=fopen("tus_datos.txt","w"); // sobre-escribo completamente el archivo.
fwrite($fp,$nuevas_lineas);
fclose($fp);
?>
Un saludo,