Bueno, en realidad eso no es usar capas, no veo ningún <div>. En el fondo el motor de PHP interpreta el código de los 3 archivos como uno solo.
Sí que es una forma de programación recomendable lo que haces, y que yo por ejemplo uso.
Y gracias a esa forma de programación se trabaja mejor a la hora de usar capas: pero el uso de capas es más bien esto (hecho a grandes rasgos):
Código PHP:
<div class="cabecera">
<?php include('cabecera.php'); // o require('cabecera.php'); aunque se comportan algo diferente ?>
</div>
<div class="menu">
<?php include('menu.php');?>
</div>
<div class="cuerpo">
<?php include('cuerpo.php');?>
</div>
<div class="pie">
<?php include('pie.php');?>
</div>
Con esto y los estilos CSS puedes manejar las capas y presentarlas como gustes.