Si te refieres a trabajo en capas a separar la lógica de la presentación por ejemplo .. mm no sé por qué usas archivos "fisico" (scripts) para indicar ahí unas funciones ..
Deberías emplear Programación Orientada a Objetos y usar alguno de los patrones y standares que fija la OOP (sería lo ideal)
Te recomiendo este mensajes al hilo:
http://www.forosdelweb.com/f68/implementar-3-capas-342921/
Y en general revisar los mensajes del foro de OOP de PHP.
Un saludo,