Si te apetece leer sobre el tema:
<a href='ir.asp?http://www.sis.ucm.es/SIS/UNIX/protecci.htm#ref1' target='_blank'>http://www.sis.ucm.es/SIS/UNIX/protecci....</a>
Los "permisos" los das tu mismo a tus ficheros, siempre que el servidor sea Unix (Linux, FreeBSD...) en ambiente windows no tienes esa estructura de permisos a ficheros (es mas sencilla).
Los permisos los puedes dar o cambiar desde un programa de FTP si es que accedes remotamente a tu Hosting y este a su vez corre sobre *NIX.
Un saludo,