Eso lo puedes hacer con un Soft de edicion, yo he hecho eso con Cakewalk Sonar (usa el 3,4 o el 5), cargas el video y los audios y comienzas a editar.
O mira alguno mas especializado en video pues Sonar es para audio, utiliza por ejemplo el Adobe Premier, es muy bueno para el video.
Ah! ademas que si haces esto, te recomiendo que busques buenos CoDecs para que puedas trabajar bien con esto.
Salu2