bueno lo primero de todo tendrias k saber k el javascript tira del lado del clietne por lo cual tu haciendo un echo ""; ya funcionaria por lo cual haz echo 'code';
te dejo aki un ejemplo:
<?
echo("<script language=\"JavaScript\">\n");
echo("document.write(\"HOLA\")" ;);
echo("</script>\n");
echo("resto del code");
?>
<table style="border:1px solid black"><tr><td><center>
<embed width="88" height="144" src="http://www.alaplaya.com/~epplestun/yo.swf"></td></td><font face=verdana size=1>
Ivan Rodriguez el poder es [B]PHP</p></td></tr></table>