La función a usar sería la misma de mismo nombre:
chmod()
www.php.net/chmod
Y para aplicar ese cambio de forma "masiva" antes deberías recorrer los archivos que tenga ese directorio usando las funciones de:
www.php.net/dir
Pero .. si por FTP (con tu cliente FTP) o desde tu panel de control no puedes hacer un cambio de ese estilo .. antes de invertir esfuerzos en algo que puede ser que tampoco funcione vía PHP .. mejor consulta con tu proveedor por qué no puedes hacerlo (tal vez no dejen)
Un saludo,