Y que diferencias observas entre esos 3 PDF's? .. que tamaño son (en bytes) .. ¿Sabias que PHP y tu servidor HTTP impone restricciones del tamaño máximo de los archivos que puedes subir vía PHP? ..
Esos datos deberías revisarlos empezando por PHP y contrastandolo con el tamaño de tus archivos que subes: (php.ini ..
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php revisa los primeros párrafos de la documentación oficial sobre el tema en cuestión).
Un saludo,
Un saludo,