bueno segun pude ver en tu codigo creo que el problema puede ser en tus resultsets
  Código PHP:
                    rsAlumno=stStat.executeQuery(strSQL);
                rsNotas=stStat1.executeQuery(strSQL1);
                while((rsAlumno.next()) && (i==0)) 
                {
                    p=rsAlumno.getString("rut");
                    if(p.equals(q))
                    {
                        n=rsAlumno.getString("nombre");
                        c=rsAlumno.getString("apellido");
                        s=rsAlumno.getString("direccion");
                        a=rsNotas.getString("nota1");
                        b=rsNotas.getString("nota2"); // no avanza posicion
                        e=rsNotas.getString("nota3"); // no avanza posicion
                        i=1;
                    }
                } 
    
  dentro de tu ciclo while avanzas tu ResultSet rsAlumno pero no avanzas tu ResultSet rsNotas y es por eso que pareciera que hiciera tu consulta tienes que avanzar tambien el ResultSet de notas, cya