Cita: Mi pregunta es ¿es mejor descargarlos e instalarlos por separado?
Todo es relativo. Un instalador te va a permitir manipular y controlar tu servidor de manera simple. El instalarlos manualmente quizá te ayude a entender la situación y funcionamiento de las aplicaciones como por si se te presenta un problema.
Si estás iniciando deficitivamente --yo-- te recomiendo usar un instalador, no le veo caso complicarte con otras cuestiones además del propio PHP.
El por qué appserv te dió problemas (habría que ver qué tipo de problemas) puede ser por incompatibilidades entre tu SO y la versión del mismo... en tal caso deberías consultar la documentación del software.
También te recomiendo utilizes
EasyPHP pero la versión 1.6 que, si no mal tengo entendido, a partir de la 1.7 ya no fue compatible con Win 9x.... igual leele y buscale en su sitio...
Saludosy suerte!