bueno la verdad no use el mysql Administrator, pero puedes usar este comando en consola y te sacara un script con el backup de tu estructura y datos de la bae que quieras.
Código PHP:
mysqldump <baseDato> -u <usuario> -p > <archivo.sql>
tambien puedes ver mas sobre esto en la documentacion de mysql, espero que te sirva, cya
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/mysqldump.html