Prueba con esto:
www.mundodivx.com/varios/dividirmpg.php www.mundodivx.com/varios/unirmpg.php
En teoría debería funcionar bien y no deberían notarse los cortes una vez los unas, pero en la práctica suele dar problemas...
Por cierto, el vídeo que subtitules, lo tienes que pasar con las mismas características de los otros trozos. Es decir, si por ejemplo la peli original usa un audio de 160 kbps, el trozo que subtitules también, y lo mismo con la resolución, frecuencia del audio, bitrate, etc... Si no, no te dejará unirlo.
:saludo: