Permission denied - No se que pasa si ya le di los permisos :'(

[Mickel]

Deberia. Se supone que solo das permisos a una carpeta. Para que sea lo mas seguro posible el tema esta en como hayas distribuido tu aplicacion.

Por ejemplo, yo normalmente tengo en php mis carpetas
raiz_de_la_aplicacion (donde estan los scripts)
classes (donde guardo las clases php)
images
styles (para la hoja de estilos)
uploads (esta la dejo con permisos de full control)

Te recomiendo que evalues migrar a 2003 Server y usar activedirectory