AH, bueno!
Sobre el mod_rewrite no puedo decirte nada porque no lo llegué a utilizar...
Pero no creo que el Sitemap influya de manera negativa para la indexación.
Y lo que puedo recomendarte es que preguntes aquí exponiendo tu caso en particular
https://www.google.com/webmasters/si...et-gdlns&hl=es
Espero puedan ayudarte. Saludos.