El sistema oficial en Fedora es yum. Y todos los esfuerzos están concentrados allí (por ejemplo, los programas gráficos yumex, kyum y pup).
apt es un "hack" que funciona relativamente bien en Fedora. Sus ventajas son que aún es más rápido que yum (aunque la próxima versión de yum tiene grandes avances en cuanto a velocidad) y que cuenta con synaptic, un potente programa gráfico para apt. Sin embargo, está siendo dejado de lado en favor de yum. Por ejemplo, el repositorio Livna (el más grande de los repositorios no-oficiales de Fedora) dejará de permitir el acceso mediante apt en poco tiempo.
Yo tengo instalados ambos, apt y yum. Pero cada vez estoy más satisfecho con yum.
Se puede usar yum para actualizar Fedora a la siguiente versión (ver
http://fedoraproject.org/wiki/YumUpg...ght=%28yum%29). Pero lo recomendable es usar los CDs de instalación para ello.