Con virtualdub (por cierto, yo prefiero virtualdubmod, que es más completo) sí se puede. Tienes que añadir el filtro "Null transform", y una vez añadido, se te activa en la ventana de filtros el botón "Cropping", con el cual puedes recortar la imagen como dices
Solo ten en cuenta que los recortes deben ser múltiplos de 8, para no tener problemas.
No sé si lo sabrás, pero también tienes que configurar un codec de compresión, en Video -> Compression, ya que necesitas recomprimir todo el vídeo.
Un saludo
