Según mi experiencia la roja es la ATA133, las verdes son el RAID ATA133
Usar el RAID (como RAID o como IDE) en Linux es una monserga, pues te limitan a versiones viejas de Linux y a distros en particular (en mi caso querían que usara Dead Rat 7
)
De preferencia deja Linux en el puerto ATA y Windows también. Usa los RAID como datos de Windows (si es que no tienes muchos en linux).
Revisa la documentación y soporte de tus chips RAID, en una de esos tienen mejor soporte que los que vienen en mi tarjeta (GA-7DXR+). También haz la prueba de instalar windows en una unidad del RAID, si mal no recuerdo en mi equipo no se puede, si el tuyo puede entonces puedes dejar Win entero en el puerto RAID.