... PHP es lenguaje del lado del servidor, JavaScript del lado del cliente. No puedes condicionar con JS a PHP directamente, lo que podrías hacer es, con JavaScript, recargar la página pasándo algún parámetro vía URI y con ello de alguna manera condicionarlo.... menciono esto porque entendí es tu idea; no se puede.
Código PHP:
<?php
$var= "Hola mundo!"; // que bien puede tomar cualquier valor
?>
<script>
alert ('<? echo $var']?>'); </script>
Espero haberme explicado. Saludos!
