Yo he tenido que hacer algo parecido y la solución fue similar a la que propone caricatos, uséase:
Recorrer con un for todos los campos y utilizar algo del tipo:
Código PHP:
function marcarCampos(valor_booleano){
var campo;
for(i=0; i<numcampos; i++){
campo = "nombre_campo" + i;
document.getElementById(campo).checked = valor_booleano;
}
}
A mi esto me ha funcionado a la perfección, espero que te sirva.