Entre 
<head> y 
</head> 
Código:
 <script language="JavaScript">
function cerrar() {
var ventana = window.self;
ventana.opener = window.self;
ventana.close();
}
</script>
  Y donde quieras poner el cierre: 
Código:
 <a href="#" onClick="cerrar()">[ CERRAR ]</a>
  [Edito] Se me ha olvidado decirte que esto va en el 
popup. ¡Perdona! [/Edito]