Bueno deberias revisar la configuracion de tu archivo my.cnf o my.ini y ver si esta comentado la linea que dice
# skip innodb
y luego reinicias el servicio, seria bueno que revises la documentacion de mysql
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...iguration.html
si te bajas la documentacion lo tendras en espaniol suerte cya