Se puede hacer pero tienes que pegarlos al vídeo, pues los VCD no admiten subtitulos seleccionables. Si tus archivos originales son AVI, puedes pasarlos directamente a VCD con subtitulos siguiendo este manual:
www.mundodivx.com/subtitulos/ffdshow.php
Y si los originales son mpg, con este otro:
www.mundodivx.com/subtitulos/mpeg.php
Un saludo