Nero no debería hacer ningún encoding, sólo grabar. El encoding ya lo deberías tener hecho de antes, con otro programa (TMPGEnc, Canopus Procoder, DVD#VCD, otro...). Si el Nero te lo hace, es que algo has configurado mal, seguramente se te olvidaría desmarcar la casilla de "Crear CD conforme al estandar".
Un saludo