Gracias cluster por la ayuda;
Sobre el primer problema de meter el código javascript entre las etiquetas head, implica como tu bien indicas es el "parseado", con todo el proceso que ello conlleva (a sumar a los ya largo procesos que tengo)... Preguntaré en el foro de javascript a ver que problemas me da si me evito este "parseado" y lo meto al principio "a saco".
Sobre el segundo punto explico un poco mejor el proceso...
El código PHP hace lo que he explicado anteriormente: abre una web, guarda su contenido, añade el javascript y hace el "echo" de todo junto, el resultado de ello es la web con las modificaciones que yo quería (fruto del código javascript)... todo ello se realiza en un archivo PHP, como he dicho antes, por tanto no entiendo porque no se me ejecuta... ¿puede ser que al abrir la web como si fuera un archivo y coger toda la información haga que se interprete como html y no como php?... no se como funciona esto a lo mejor hay alguna cabecera o linea que hace que lo interprete así, y por eso no ejecuta el código PHP.
Explico un poco más la interacción PHP - javascript
Código PHP:
<?
//método que me saca una puntuación en función de determinados parámetros de una web, hago el echo de $resultado y me lo muestra por pantalla
$resultado=$analisis->SacarPuntuacion();
//cojo el script
$script_1=$analisis->SacarScript1();
//guardo el script, en este script utiliza una variable llamada percent a la que le quiero dar el valor de $resultado, así lo tengo puesto en el código javascript (var percent=<? echo $resultado;?>)
$final=$script_1;
//añado el texto de la web (vamos el código fuente) que está en la variable buffer
$final.=$buffer;
echo $final;
?>
Todo parece funcionar pero al mirar el código fuente veo que el código de javascript no me hace lo que desaba ya que el código fuente me revela que var percent=<? echo $resultado ?>, en vez de salir el valor real de $resultado.
Gracias por el interés mostrado.