En ese caso tendrías que implementar un "navegador" de archivos pero del servidor .. para que puedas ir leyendo la estructura de directorios del servidor (desde el punto que indiques como "raíz" para ese usuario).
Seguro que encuentras utilidades de este estilo ya hechas en sitios como
www.phpclasses.org
Y si quieres hacerlo "a mano desde cero" .. revisa las funciones:
www.php.net/dir
Un saludo,