Fijate en tu código HTML generado en concreto en los "value" de los checkbox si ahí ves tus ID's de registros .. por qué sigues teniendo problemas con el uso de comillas (de hecho no sé para que pones () en el echo . .no son necesarios, también debes "escapar" las comillas dobles cuando las necesites usar .. no usar ' simple si no corresponde.
Código PHP:
echo ("<tr><td><input type='checkbox' name='Id_Equipos[]' value='".$row["Id_Equipos"]."'><a onclick='confirmDel(); 'href=\"BorradoSql.php?Id_Equipos=".$row["Id_Equipos"]."\">Eliminar</a>
Y también comprueba en tu script PHP de proces si llegan esos "ID's" seleccionados. Haz un echo a $lista despues de aplicar el implode() o pasar por tu IF.
Código PHP:
// Y lo aplicamos al SQL correspondiente y ejecutamos la consulta.
$sql="DELETE * FROM Equipos WHERE Id_Equipos IN(".$lista.")";
echo "Ejecutando sentencia SQL: ".$sql;
mysql_query($sql,$link) or die (mysql_error());
También puedes revisar que sentencia SQL exactamente vas a ejecutar.
Un saludo,