Segun el enlace que me pusiste anteriormente seria mejor hacer esto:
StringBuilder sbJscript = new StringBuilder ();
sbJscript.Append ("<s" + "cript" + "> ");
sbJscript.Append ("window.confirm('Abrir Ventana?') ");
sbJscript.Append ("<" + "/script" + ">");
Page.RegisterClientScriptBlock("AlgunNombre",sbJsc ript.ToString());
