Con que dejes tus archvios fuera del "Document Root" de ese servidor ("virtual") donde queda accesible tus actuales páginas HTML/etc por el URL ... sobraría.
De esta forma, usarías scripts PHP para acceder a esos archivos en su ruta absoluta de ese servidor y entregarlos al buffer de salida de PHP.
Revisa los ejemplos de las Funciones:
header()
www.php.net/header
readfile()
www.php.net/readfile
Esto es la misma técnica que tener tu archivo en "binario" en tu Base de datos .. pero en lugar de hacer una consulta SQL a tu Base de datos y hacer un "echo $archivo" lo harías "leyendo con readfile()" de donde tengas el archivo (fuera del "document root") por ruta absoluta.
Un saludo,