Tu cuenta POP3 tal vez podrías accederla por IMAP . .si es así puedes usar las funciones de IMAP de PHP:
www.php.net/imap
También tienes muchas classes hechas para acceder a cuentas POP/IMAP en
www.phpclasses.org
El tema de ejecutar ese código a intervalos de tiempo es necesario que veas soluciones del tipo "Cron Job" (Linux) o "Programador de taréas" (Windows) para que no dependas de si un "PC" (con su navegador) anda recargando una página constantemente. Se trata de que crees una entrada en tu "Cron Job" que llame a tu script PHP en modo "CLI" (Command Line Interface) para que lo ejecute a los intervalos de tiempo que definas en el Cron.
Un saludo,