Mysql trabaja en el servidor, javascript en el cliente (navegador) y no tienen forma de comunicarse, debes usar php u otro lenguaje (asp, coldfusion, java) para ello. Php podría reescribir codigo javascript para que este pueda enterarse de algo que está en mysql, ejemplo:
Código PHP:
<script>
function mostrar(nombre)
{
alert(nombre);
}
</script>
<?php
//extraigo el nombre del cliente 100, lo dejo el $nombre
$result=mysql_query("select nombre from clientes where id_cliente='100'",$link);
$fila=mysql_fetch_assoc($result);
$nombre=$fila['nombre'];
//paso el nombre como parametro a una funcion java script que lo muestra
echo "<script>mostrar($nombre);</script>"
?>