Colocas un script como el que te voy a indicar y lo llamas creando un link a el
Código PHP:
<?php
$link=mysql_connect("serivdor","usuario","password")
msyql_select_db("base");
$result=mysql_query("truncate table nombre_tabla");
?>
Uso truncate por que ademas de borrar todos los datos de la tabla vuelve a cero los campos autoincrement. Obviamente este es un ejemplo para mysql.