También tuve ese problema
feel_the_sky (no me cargaba mis estilos CSS ni mi template), eso lo solucioné poniendo la etiqueta BASE entre el <head> y el </head>
En mis pruebas de PC local:
<base href=\"http://localhost/micarpetadelproyecto/\" /> así nada más tengo que manejar links relativos (como index.html) y el navegador lo transforma a absoluto (
http://localhost/micarpetadelproyecto/index.html)
De manera más general, quizá te funcione esto:
<BASE href="http://<?php echo $_SERVER['SERVER_NAME']."/".$_SERVER['PHP_SELF'] ?>">
Chécalo, con eso ya no tuve problemas, man.