Debes hacer uso de DirectoryEntry con LDAP del
System.DirectoryServices para poder manipular el active directory ahorita no me se paso a paso de como hacerlo.., puedes ir empezando con estos ejemplos:
http://www.codeproject.com/csharp/arbauthentication.asp
Y busca todo lo relacionado con el LDAP, ya que el DirectoryServices te ofrece todo lo que hace el Active Directory
Salu2