Concordancias entre ficheros

[yamakasiz]

Wenas,


Tengo el fichero numeros.txt con 10 numeros, uno por linea:
-1-
-2-
-3-
-35-
.....

Tengo el fichero concordancias.txt con 11 valores:
-1-2-
-2-3-
-35-36-
-34-25-
-25-16-
.......

Tengo el fichero valores.txt con 11 posibles valores
0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0

Pretendo dar una puntuacion a cada concordancia segun las veces que aparezca un numero de numeros.txt y este valor lo guarde en valores.txt

En el ejemplo:
-1-2- -->2 punto
-2-3--->2 puntos
-35-36--->1 punto
-34-25--->0 puntos
-25-16--->0 puntos

En valores.txt debe guardar 2/2/1/0/0

Lo he intentado de la siguiente manera, pero solo me cuenta para la primera concordancia (2/0/0/0 ....):
//Mirar las puntos actuales
$fp = fopen("valores.txt","r");
$valores = fread ($fp, filesize ("valores.txt"));
$valor = explode('/',$valores);
fclose ($fp);

//Miro si aparece en cada 1 de las concordancias y sumo 1 a los puntos
$file = "concordancias.txt";
$arr = file($file);
for ($x = 0 ; $x < sizeof($arr) ; $x++ ){
$file2 = "numeros.txt";
$arr2 = file($file2);
for ( $z = 0 ; $z < sizeof($arr2) ; $z++ ){
$numerajo = $arr2[$z];
$veces=substr_count($arr[$x], $numerajo);
if ($veces > 0){
$valor[$x] = $valor[$x] + 1;
}else{
$valor[$x] = $valor[$x];
}
}
}

//Grabo los nuevos puntos para las seisenas
$file = "puntos/puntos-seisenas.txt";
$fp = fopen($file,'w');
fwrite( $fp, $valor[0]."/".$valor[1]."/".$valor[2]."/".$valor[3]."/".$valor[4]."/". $valor[5]."/".$valor[6]."/".$valor[7]."/".$valor[8]."/".$valor[9]."/".$valor[10]);
fclose ($fp);

Si alguien tiene la solución, se lo agradecería ya que no doy con ella.

Un saludo.