Vale, entonces si no entiendo mal lo que necesitas es una especie de Acrobat Writter. No te puedo ayudar porque yo tengo el mismo problema que tú y la verdad no sé cómo hacerlo sin usar herramientas comerciales.
JasperReports (que usa la librería iText), te puede pasar de código (plantilla jasperReports) a RTF o PDF, pero creo que no se puede hacer la transformación directa RTF -> PDF.
Para leer documentos de MS en Java hay un proyecto en Jakarta llamado POI
http://jakarta.apache.org/poi/ . Echa un vistazo.
Si te enteras de algo más por favor te pido que nos cuentes.
Un saludo y suerte