Server.Mappath("/downloads/myFile.zip") buscará desde el directorio raiz de tu hosting. O sea si tu sitio es
http://www.tudominio.com el camino será
http://www.tudominio.com/downloads/myFile.zip
Si lo que pide es su direccion absoluta, pues será (mas o menos, depende de l configuracion del servidor)
C:\inetpub\www\tudominio.com\public_html\downloads \myfile.zip
Un saludo