Hola,
Ante todo te digo que si tienes las condiciones adecuadas
si puedes hacerlo. Pero antes de todo debieras plantearte una serie de preguntas:
- ¿qué es lo que estas intentando hacer? ¿una especie de 'hosting'? Si es así, ¿les darás acceso FTP a su subdominio?
- ¿el servidor donde alojarás, ¿todo es tuyo, es un servidor -de pago- dedicado o es un hosting -de padgo- compartido?
- ¿el proceso de registro tendrá algún tipo de cifrado?
- ..... etcetera
La idea teórica del proceso, a grandes rasgos, sería la siguiente:
1. pides los datos y compruebas que sean validos y que no coincida con alguno ya existente.
2. creas en el servidor, de base de datos y en el de FTP, el nuevo usuario.
3. haces que sea el nuevo usuario el que se conecte por ftp, cree su propia carpeta y establezca los permisos de acceso a la misma.
No te planteo si el subdominio que les vas a dar tendrá acceso a base de datos porque eso complicaría el proceso (tendrías que ver siles permitiras una base de datos para cada uno, darles un usuario de acceso a cada uno) ... todo esto te lo permitiría hacer tu hosting?
Si explicas un poquito mejor la idea general de tu proyecto nos ayudaría, Ciao