A mi parecer, el que tengas un par de includes en un archivo no quiere decir que sea exactamente modular...Mas bien tienes que definir exactamente primero que nada tu estructura de directorios, despues, trabajar con librerias de funciones(mejor si son clases), separar la presentacion en la medida de lo posible, ahora que si somos demasiados extremos utiliza XML y XSL para lograrlo, y tienes tambien que trabajar mucho en tu capa logica, entonces si estariamos hablando de mayor modularidad.
Salu2,